手動で古いconfigバックアップデータ削除は出来ません。

NetLineDancer右上「設定」→「サーバ設定」ウィンドウ、左ペイン→「データ保存期間」

→「週単位で、次の時間にデータを削除する」の項目で指定した日時に

・コンフィギュレーション履歴の保存期間

で指定した保存期間を経過したデータのみが削除されます。
尚、「期限なし」の場合にはデータの削除は出来ません。